智能集菌仪是集菌培养器的配套使用仪器，通过智能集菌仪的定向蠕动加压作用，供试品被过滤并在滤器内进行培养，以检验供试品是否含菌。供试品通过进样管道连续被注入集菌培养器中，利用集菌培养器内形成的下压，通过0.45微米孔径的滤膜过滤，供试品中可能存在的微生物被截留收集在滤膜上，通过冲洗滤膜除去供试品的抑菌成分。然后把所需培养基通过进样管道直接注入集菌培养器中，放置规定的温度培养，观察是否有长菌现象。那么，智能集菌仪该如何正确的操作呢?
智能集菌仪的正确操作方法如下：
(1)取出培养器先检查包装是否完好无损，在无菌室内打开塑料包装袋。
(2)将培养器逐个插放在不锈钢座上。
(3)将集菌培养器的弹性软管装入智能集菌仪泵头，要求定位准确，软管走势顺畅。
(4)打开待检样品的瓶盖插针孔并消毒之，(若检测安瓿样品，先将安瓿颈部消毒，然后打开并将安瓿)样品瓶定位。
(5)拔去进样双芯针管之护套，插入样品瓶中，开启集菌仪，实施过滤集菌(应避免双芯针管进气，滤膜被药液浸湿，影响进气)。
(6)完成集菌后，若样品含抑菌物质，按药典 规范要求适当用冲洗液清洗，清洗方法与集菌过程相同。
(7)消毒培养基瓶插针孔处。
(8)摘下顶部空气滤器开口的胶塞，套在培养器底口上，用软管夹子，依次开闭软管，开启集菌仪，将培养基泵入指定的培养器内。
(9)用夹片夹闭与培养器连接部的软管，留下5～6cm软管，剪除其余部分，并将开口端插在空气过滤器开口上。
(10)分别按规定进行培养。
(11)观察培养情况，若需取样分离培养，可将软管消毒，用无菌注。
智能集菌仪在操作过程中应注意以下问题：
(1)智能集菌仪必须有效接地。
(2)智能集菌仪长期不用，应切断电源。
(3)智能集菌仪应置于平稳的操作台面，其工作环境应避免振动和化学腐蚀。
(4)若无菌室采用化学消毒剂消毒时，应将智能集菌仪置密封罩内，或搬出无菌室，
以免损坏电子部件和腐蚀金属配件。
(5)应保持取样针上的过滤膜干燥，气流通畅，正常浸液。方法是在取样针插
入瓶装流体样品时，应先开机，然后倒转容量瓶。
(6)更换检品或完成过滤时应停机，否则会使集菌培养器内产生过高的气压，
胶塞脱离，影响使用。可摘下胶冒放气，消除集菌培养器内的压力。
(7)若进液管内出现过多气泡，应将泵速降低，并检查气滤膜是否被浸湿，若
不能进液，则检查进液针管是否畅通。
(8)智能集菌仪运转时切勿将手伸入转轴内，待扣在定位卡后再开机。